無人超市在管理方面具有天然優勢，其價值就在于利用互聯網大數據及人工智能做消費分析。但是無人超市在使用中還是會出現問題，無人超市使用中都面臨哪些方面的困境呢？
(一)運營成本高
運用互聯網技術，無人超市雖然可以通過客戶自助結賬節約收銀的成本，但仍然需要整理貨架、補貨、清潔等人工工作。目前市場上的無人超市的空間較小，擺放的商品數量有限，商品需要及時補貨。此外，倉儲、電力、機器定期維護等也會產生運營成本。后臺支持技術的研發和部署、為技術升級而購置的硬件設備和特別裝修也是一筆不小的成本費用。而使用RFID技術的無人超市還需要承擔芯片硬件成本和貼在商品上的人力成本。無人超市雖然減少了一部分人力成本，但前期投入、后期運營和維護的成本并沒有減少，甚至對商品管理和后臺維護的成本更高。
(二)技術不成熟
目前，無人超市處于探索時期，市場上運營的無人超市在技術方面仍存在漏洞。例如當人流激增時，機器有時無法自動識別并結算；運用虹膜識別技術刷眼進入的無人超市，存在戴美瞳、近視的客戶無法識別、難識別的問題；設有兩道門的無人超市，前面有客戶支付時，里面的一道門會關上，雖然增加了安全性，但由于技術不成熟，可能會出現后面的客戶等待時間過長，甚至無法開門的問題。運營過程中，由于技術問題，客戶進入無人超市，注冊、識別(刷臉、刷眼)時可能會花費較長時間，選好商品后支付時商品可能無法識別。識別、傳感、支付等無人化技術手段已相當成熟，但是消費者行為是隨機的，實時傳導到后臺并且進行判斷回傳有一定的難度，可能影響識別的準確率。
(三)道德風險高
由于技術不確定性導致的針對貨損、貨缺風險防范乏力也增大了無人超市的運營風險。比如體驗過繽果盒子的顧客發現，其商品是靠貼上RFID來感應，如果消費者避開攝像頭，將商品上的RFID貼紙撕掉，盒子是無法感應出用戶手里的商品，門也會自動打開。再如設有兩道門的無人超市，客戶可以在里面的人的幫助下從出口進入，避開個人信息錄入。對于虹膜識別刷眼的無人超市，客戶也可以跟隨前面已識別成功的人一同進入，因此無法記錄每個進入店內的客戶的信息。無人超市的經營存在道德風險，一旦發生偷盜事件，產生的損失和追回成本是較高的。